200 Jahre nach den schrecklichen Ereignissen auf Fiorina 161. 200 Jahre nach der Evakuierung jenes Gefängnisplaneten, auf dem Ripley starb und das letzte Alien mit in den brennenden Tod riß.
Seit heute lebt Ripley wieder.
Sie ist das Ergebnis eines militärischen Experiments, in welchem ihre DNS mit der des letzten Alien gekreuzt wurde.
In ihrer neuen "Form" ist Ripley zum Teil selbst Alien. Über sie soll eine neue Spezies geschaffen werden, beherrschbar geworden über Ripley. Eine fatale Fehleinschätzung: den hochgezüchteten Monstern gelingt die Flucht aus ihrem "sicheren Gefängnis".
Die intelligente Brut fällt über die Besatzung her. Das Ripley-Klon schließt sich einem Trupp tougher Schmuggler an, die neues "Material" für die Forscher an Bord gebracht hatten, Nahrung für frisch geschlüpfte Aliens (die berüchtigten Face-Hugger). Die Truppe muß schnell handeln, bevor sich die Brut unkontrollierbar vermehrt.
Ripley ist womöglich keine große Hilfe, weiß man doch nicht, auf wessen Seite sie steht. Es gibt einen zweiten Grund, der zur Eile mahnt: der Wissenschaftsraumer befindet sich auf dem Rücksturz zur Erde, die buchstäblich ein gefundenes Fressen für die neuen Aliens darstellt...