Ein 60-Meter-Godzilla trifft auf ein außerirdisches Wesen, das nach 6.000 Jahren Winterschlaf unter den japanischen Inseln erwacht.
Das Alien, 200-Meter im Durchmesser und gepanzert wie ein Felsen, fliegt über den japanischen Archipel und greift den "Grünen Giganten" an.
Godzilla hingegen ist gerade noch ein wenig abgelenkt, war er doch im Moment damit beschäftigt, die japanische Großstadt Nemuro aufzumischen.
Kann Godzillas radioaktiver Feuerstrahl das Alien bremsen? Ist die außerirdische Lebensform überhaupt feindlich gesonnen?? Hat die Menschheit noch eine Zukunft???
Auf jeden Fall ist die Bühne für einen Kampf zwischen Godzilla, dem Außerirdischen und den Bürgern von Shinjuku bereitet, dessen Ausgang vollkommen in den Sternen steht...