In den Tiefe des Weltraums gerät eine Flotte der Klingonen in eine gigantische Wolke rätselhafter Zusammensetzung und wird vollständig vernichtet.
Die Wolke hält Kurs auf die Erde.
Das einzige verfügbare Raumschiff, das die Wolke erforschen und nötigenfalls bekämpfen könnte, liegt seit Monaten im Trockendock und harrt seiner Fertigstellung: die "Enterprise 1701".
James Tiberius Kirk, inzwischen zum Admiral und Schreibtischhengst befördert, setzt sich kurzerhand selbst wieder in Dienst, trommelt seine alte Crew zusammen und macht sich mit der noch nicht voll einsatzbereiten ENTERPRISE auf den Weg.
Während an Bord Kompetenzstreitigkeiten mit dem neuen Captain beigelegt werden wollen, nähert man sich der geheimnisvollen Wolke. Sie gibt sich als "V'ger" (sprich: Wiedscher) zu erkennen, auf der Suche nach dem "Schöpfer"...