Überall auf dem Planeten werden ungewöhnliche Kinder geboren. Man nennt sie "Mutanten", es sind Menschen, deren genetischer Code irgendeine Zusatzinformation enthält, den sogenannten "X-Faktor" der aus den Kindern Menschen mit besonderen Kräften macht --er befähigt den einen zum Fliegen, die andere zur Telekinese, wieder ein anderer kann Laserstrahlen aus seinen Augen verschießen.
Ein gewisser Dr. Charles Xavier holte all diese Kinder, die in ihrer Umgebung als "Aussätzige" verstoßen waren, zusammen, um deren Fähigkeiten an einem geheimen Ort zu trainieren und zu entwickeln.
Nachdem seine Eltern von den Nazis ermordet worden waren, schwor ein anderer Mutant der ganzen Menschheit Rache für sein Schicksal. Erik Magnus Lesherr verfügt über magnetische Kräfte und scharte unter des Maske des "Magneto" die Superschurken "Sabertooth" und "Mystique" um sich, um alles zu zerstören, was sich ihnen in den Weg stellt.
Magneto jagt den pelzigen Kanadier Logan, einen Mutanten, der --unerkannt-- seinen Lebensunterhalt als "Wolverine" verdient. In düsteren Kaschemmen in einem Käfig tritt er gegen jeden an, der glaubt, diesen Typen vermöbeln zu können --"Wolverine" gewinnt immer. Und wenn jemand außerhalb des Käfigs glaubt, verlorenes Geld unter Zuhilfenahme einiger schlagkräftiger Kumpels zurückprügeln zu können, lernt der die messerscharfen Klingen kennen, die in Logans Fäusten sitzen wie beim Wolf die Krallen.
Nachdem er wieder einmal Hals über Kopf seinen "Arbeitsplatz" verlassen musste, trifft er auf ein junges Mädchen, das sich selbst "Rogue" nennt --ebenfalls eine Mutantin-- die von zu Hause geflohen ist, nachdem sie feststellen musste, dass sie jedem, der ihre Haut berührt, Lebensenergie absaugt.
Magnetos Mutanten stellen Wolverine und Rogue. Im letzten Moment sind "Storm" und "Zyklop" zu Stelle, zwei Mitlieder der "X-Men", einer geheimen Gruppe, die Dr. Xavier zusammengestellt hat und anführt.
Wolverine schließt sich der Gruppe an. Gerade rechtzeitig, um Dr. Xavier über Magnetos Pläne zu unterrichten.
Die Superhelden kämpfen gleichzeitig gegen die Vorurteile der Menschen. Jeder für sich hatte die Erfahrung gemacht, lediglich eine wissenschaftliche Kuriosität zu sein, ein Freak, ein Monster. Aber gemeinsam sind sie mehr: die unheimlichen "X-Men"...
